单细胞染色质可接近性分析(scATAC-seq)
10x Genomics ChromiumTM scATAC-seq(单细胞染色质可接近性分析)解决方案通过利用Tn5转座酶切割染色质开放区域DNA序列,然后通过建库、PCR扩增和二代测序,可实现单样本数千个单细胞的染色质开放性分析。对单个细胞中的基因调控网络进行精细分析,加速对基因组调控环境的了解,从而提供表观层面对细胞变异性的见解,深入了解疾病的发病机制和为治疗提供理论依据。
技术原理图:


实验项目流程:
步骤1、样品准备
从细胞培养物、原代细胞、新鲜或冷冻组织中分离出的细胞核悬浮液开始。
步骤2、构建10X测序文库
使用10X公司的配套试剂盒和单细胞分选平台构建单细胞ATAC测序cDNA文库,首先将单细胞核混合在一起,然后使用10X单细胞分选仪对单细胞核制备凝胶珠封装。转置的DNA片段用10x条形码标记,每个条形码序列代表同一个独特的细胞。
步骤3、文库测序
由此产生的10x条形码单细胞ATAC-seq测序库与Illumina测序仪上的标准NGS短读测序兼容,可大规模并行分析数千个单个细胞。
步骤4、数据分析
10X公司的Cell Ranger ARC分析软件为每个细胞生成开放染色质和基因表达谱,识别具有类似谱的细胞群,并计算开放染色质DNA序列峰的量和彼此之间的联系。
步骤5、数据可视化
使用Loupe Browser可视化软件交互式探索实验结果,比较不同细胞类型和状态的染色质开放性的差异,并研究染色质开放峰的差异在实验组之间的生物学意义。
步骤6、个性化分析
我们元信生物为各位科研工作者提供基于单细胞ATAC数据的各种高级的个性化分析。
样本要求:
样本类型——制备好的细胞核悬液或是新鲜/冻存的组织样本
细胞活性——活细胞率在5%以下
细胞核大小——小于40μm
细胞核数——大于2x105
细胞核保存液不能含有Ca2+和Mg2+等影响酶活性的物质。
应用领域:

分析结果展示:
